پژوهشگاه علوم پزشکی شهید جمهور رئیسی با ماموریت ساماندهی و استفاده هدفمند از تجهیزات، امکانات و نیروی انسانی متخصص مراکز تحقیقاتی، ذیل پژوهشکده ها و واحد های فناور تحت پوشش و ایجاد مجموعه منسجم در زمینه اجرای پژوهش های بنیادی، کاربردی، مداخله ای، تولید علم، تجاری سازی دانش و دستاورد های تحقیقات و فناوری، توانمند سازی و تربیت نیروی انسانی متخصص و ارائه خدمات تخصصی مرتبط حسب مقررات وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به منظور دستیابی به مرجعیت علمی و حل مشکلات سلامت جامعه در زمینه تحقیقات و فناوری منطق بر رسالت پژوهشگاه تاسیس گردیده است .

پژوهشگاه علوم پزشکی شهید رئیسی در حال حاضر شامل سه پژوهشکده علوم بالینی، پژوهشکده علوم پایه و پژوهشکده علوم و فنون نوین دارویی می باشد که پس از کسب مجوز شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی مشهد در خردادماه سال جاری با حضور وزیر محترم بهداشت، درمان و آموزشی وقت به بهره برداری رسید.

ساختمان جدید الاحداث پژوهشگاه به مساحت حدود 15 هزار مترمربع در 5 طبقه در مجموعه پردیس دانشگاه احداث گردیده است و در حال حاضر تعدادی از مراکز تحقیقاتی و آزمایشگاههای تابعه، آزمایشگاه جامع تحقیقاتی و مراکز نوآوری در آن مستقر گردیده و ارئه خدمت می نمایند.